Con R.D. 28 maggio 1863 n. 1302 veniva soppressa, insieme a quella analoga con sede a Palermo, la Direzione generale dei lavori pubblici di Napoli ed era costituito un Ufficio stralcio per le pratiche e la contabilità in corso e per la conservazione degli archivi della cessata direzione generale. La Direzione generale era stata istituita con R.D. 23 maggio 1861 n. 40: dipendeva direttamente dal ministro dei lavori pubblici per la trattazione degli affari riservati al governo centrale e per le altre materie dal Luogotenente generale in Napoli. Con successivo decreto 9 ottobre 1861 n. 271 la Luogotenenza generale venne soppressa, e con decreto n. 284 dello stesso mese e giorno fu approvato il ruolo del personale della Direzione generale dei lavori pubblici in Napoli. Questa esercitava, per le province meridionali eccettuate quelle siciliane per le quali era competente l'analoga direzione generale con sede a Palermo, le seguenti competenze: costruzione e manutenzione delle strade, servizio di porti e fari, regime e polizia delle acque pubbliche e della navigazione, conservazione dei monumenti e degli edifici civili demaniali e pubblici. Per l'esercizio di tali attribuzioni la Direzione generale si avvaleva della sezione del Consiglio superiore dei lavori pubblici costituita provvisoriamente a Napoli con R.D. 25 luglio 1861 n. 148. La sezione era composta da quattordici membri e presieduta dal direttore generale e dava il suo parere sui progetti delle opere pubbliche e sulle questioni sottoposte ad esame dalla direzione generale. La Direzione venne soppressa con R.D. 28 maggio 1863 n. 1302 e le competenze da essa esercitate rientrarono nell'ambito della Direzione generale ponti acque e strade del ministero.