I servizi della marina, militare e mercantile, nel regno di Sardegna erano uniti, fino al 1850, a quelli della guerra e costituivano insieme il ministero della guerra e della marina. Con r.d. 11 ott. 1850 [Raccolta regno di Sardegna, 1850, n. 1081] gli affari della marina passarono al ministero di agricoltura e commercio, che assunse pertanto la denominazione di ministero della marina, agricoltura e commercio. Con successivo r.d. 26 feb. 1852 [Ibid., 1852, n. 1348] tale ministero fu soppresso e il dipartimento di marina fu provvisoriamente unito al ministero delle finanze. Con il regolamento per l'ordinamento dell'amministrazione centrale dello Stato, approvato con r.d. 23 ott. 1853 [Ibid., 1853, n. 1611] fu istituito il Ministero della marina così strutturato: un segretariato generale, una divisione e quattro sezioni. Subito dopo l'unità, con r.d. 4 ago. 1861, n.167, gli uffici principali del ministero, sotto la direzione del segretario generale, furono così ripartiti: gabinetto del ministro, ufficio speciale tecnico, ufficio informazioni, divisione del personale della marina militare, divisione del materiale, divisione contabilità corpi e materiale, divisione bagni penali, divisione contratti archivio ed economia, divisione contabilità generale sussistenza e casermaggio, divisione polizia della navigazione mercantile e sanità marittima, divisione ascrizione marittima materiale e tasse. In materia di marina mercantile erano competenti anche altri ministeri. A partire dal 1 agosto 1863, con r.d. 26 lug. 1863, n. 1396, fu soppressa la carica di segretario generale e furono così suddivisi i servizi del ministero: gabinetto del ministro, direzione generale del personale, direzione generale del materiale della contabilità e dei servizi amministrativi, divisione della marina mercantile e della sanità marittima. Questo ordinamento fu modificato con r.d. 11 mar. 1865, n. 2188, che a partire dal 1° aprile 1865 riorganizzò i servizi del ministero in una direzione generale del servizio marittimo - di cui faceva parte il gabinetto -, una direzione generale del servizio amministrativo marittimo e una direzione generale della marina mercantile e bagni penali. Con r.d. 29 ago. 1866, n. 3234, il gabinetto fu staccato dalla direzione generale del servizio militare marittimo e, con la denominazione di gabinetto particolare del ministro, fu posto alla diretta dipendenza del ministro stesso, mentre con r.d. 29 nov. 1866, n. 3411, i bagni penali passarono al ministero dell'interno. Con il 1° gennaio 1867, a seguito del nuovo ordinamento disposto dal r.d.30 dic. 1866, n. 3479, i servizi del ministero furono riorganizzati in un gabinetto, che dipendeva dal ministro e costituiva la prima divisione, e quattro direzioni generali: personale e servizio militare; materiale; contabilità; marina mercantile. Con lo stesso decreto, inoltre, fu istituito il consiglio superiore di marina, e cui competenze e composizione furono stabilite con regio decreto della stessa data, n. 3482. Il gabinetto fu soppresso dal 1° aprile 1870, con r.d. 17 mar. 1870, n. 5575, e i servizi della prima divisione furono suddivisi tra i vari uffici del ministero. Il r.d. 14 gen. 1872, n. 656, stabilì questo nuovo ordinamento: gabinetto del ministro; direzione generale del personale e servizio militare; direzione generale del materiale; direzione della marina mercantile; ufficio di ragioneria.
La direzione della marina mercantile fu trasformata in direzione generale con r.d. 28 mar. n. 2430, che istituì inoltre la direzione generale di artiglieria e torpedini che di fatto già funzionava, con due divisioni, dal 1873. L'anno successivo con r.d. 17 lug. 1876, n. 3280, fu istituito alla diretta dipendenza del ministro, l'ufficio di revisione. Con r.d. 31 dic. 1876, n. 3624, fu di nuovo istituita la carica di segretario generale, soppressa nel 1863; di conseguenza venne creato il segretariato generale alla cui dipendenza passarono il gabinetto e le divisioni della soppressa direzione generale del personale e servizio militare, mentre, con altro decreto della stessa data, n. 3613, fu istituito l'ufficio centrale di sanità militare marittima alle dirette dipendenze del ministro. La direzione generale del personale e del servizio militare fu poi ricostituita con r.d. 3 mag. 1883, n. 1314, e di nuovo soppressa con r.d. 24 lug. 1885, n. 3290. Con r.d. 18 lug. 1885, n. 3596, era stato istituito il consiglio superiore della marina mercantile. Nel 1888, con la creazione della carica di sottosegretario di Stato e l'abolizione di quella di segretario generale - in conseguenza della l. 12 feb., n. 5195 - al sottosegretario di Stato per la marina fu anche affidato il compito di reggere il segretariato generale del ministero, che comprendeva il gabinetto, la ragioneria, la divisione prima per il personale e servizio militare, la seconda per la leva e corpo reale equipaggi, la terza per la contabilità dei corpi e sussistenza. Con r.d. 23 nov.1889, n. 6526 il ministero fu riorganizzato nei seguenti uffici principali: ufficio di stato maggiore e di gabinetto; quattro direzioni generali: servizio militare, costruzioni navali, artiglieria e armamenti, marina mercantile; direzione del servizio idrografico e direzione del servizio sanitario; ufficio del genio militare e ufficio di revisione; ragioneria. Nel 1893, con r.d. 4 mag., n. 250, fu ricostituito il segretariato generale, con titolare il sottosegretario di Stato, formato dalla divisione prima - gabinetto, seconda - personali civili, soppressa nel 1894, terza-ufficio di ragioneria; furono inoltre aggregati al segretariato generale l'ufficio di stato maggiore, la direzione del servizio sanitario, l'ufficio del genio militare e l'ufficio di revisione; restarono invariate le quattro direzioni generali. A queste se ne aggiunse una quinta per i servizi amministrativi con r.d. 8 ott. 1898, n. 438. Sempre nel 1898 il gabinetto fu trasformato in segreteria del segretariato generale. Dal 1° gennaio 1900, per effetto dell'art. 1 del r.d. 17 dic. 1899, n. 491 gli uffici del ministero furono cosi riordinati: segretariato generale, retto dal sottosegretario di Stato e composto dallo ufficio del segretario generale, dall'ufficio personali civili, dall'ufficio del genio militare e dall'ufficio di ragioneria; al segretariato generale furono inoltre aggregati l'ufficio tecnico, l'ufficio sanitario militare marittimo e l'ufficio di revisione; le direzioni generali erano quattro: personale e servizio militare, costruzioni navali, artiglieria e armamenti, marina mercantile. Questo ordinamento fu così modificato con r.d. 15 lug. 1906, n. 402: segretariato generale retto dal sottosegretario di Stato, formato dall'ufficio di gabinetto, dal genio militare e dai seguenti uffici aggregati ufficio tecnico del genio navale; ispettorato sanitario militare marittimo; ispettorato del commissariato militare marittimo; cinque direzioni generali: personale e servizio militare, costruzioni navali, artiglieria e armamenti, servizi amministrativi e contabilità, marina mercantile. Per effetto dello stesso decreto, l'ufficio di revisione fu soppresso e sue attribuzioni passarono all'ufficio di ragioneria, allora dipendente dalla direzione generale dei servizi amministrativi e delle contabilità, poi dal segretario generale. Il r.d. 30 dic. 1909, n. 834 stabilì che al segretariato generale fosse preposto un ufficiale ammiraglio, alla cui dipendenza furono posti tutti i servizi del ministero, ad eccezione di quelli inerenti alla marina mercantile, che facevano capo invece al sottosegretario di Stato. Per effetto della l. 2 gen. 1910, n. 2, sulla unificazione dei servizi marittimi, e dei conseguenti decreti del 23 gen. n. 75, del 2 giu. n. 318, del 17 luglio, n. 568, passarono al ministero della marina: i servizi marittimi postali e commerciali e l'ispettorato dei servizi marittimi del ministero delle poste e telegrafi; i servizi marittimi della navigazione di Stato e il servizio dei fari e fanali del ministero dei lavori pubblici; il servizio della pesca marittima del ministero di agricoltura, industria e commercio. Sempre nel 1910, con r.d. 25 lug. n. 912, fu istituita la direzione generale del corpo equipaggi, alla quale passarono tutti i servizi attinenti al corpo fino allora espletati dalla direzione generale del personale e servizio militare che assunse la denominazione di direzione generale degli ufficiali e del servizio militare e scientifico. L'anno successivo, con r.d. 28 lug. 1911, n. 948, fu istituito a la diretta dipendenza del ministro l'ufficio delle leggi e dei decreti. Con r.d. 2 set. 1912, n. 105, fu istituito l'ispettorato per l' esercizio e l'economia delle macchine e con r.d. 4 ag. 1913, n. 1047, l'ispettorato del genio militare per i lavori della marina. Con r.d. 28 giu. 1914, n. 860, il ministero fu così organizzato: gabinetto del ministro; sei direzioni generali: ufficiali e servizio militare e scientifico, corpo equipaggi, costruzioni navali, artiglieria e armamenti, servizi amministrativi, marina mercantile; sette ispettorati: esercizio e economia delle macchine, sanitario militare marittimo, commissariato militare marittimo, genio militare per i lavori della marina, fari e segnalamento marittimo, servizi marittimi, capitanerie di porto; servizio dei persona i civili e degli affari generali. Dopo l'istituzione del ministero dei trasporti marittimi e ferroviari, con r.d. 22 giu. 1916, n. 756, in seguito a d. lgt. 26 giu. 1916, n. 830, la direzione generale della marina mercantile, l'ispettorato dei servizi marittimi e il consiglio superiore della marina mercanti e passarono al nuovo dicastero. Poco dopo, con d. lgt. 16 lug. 1916, n. 874, gli affari di carattere tecnico-militare (restando di competenza del sottosegretario di Stato le questioni di carattere giuridico-amministrativo) furono affidati al segretario generale del ministero della marina: dal 1922 al 1943 la carica di segretario generale rimase però vacante. Il d.l. lgt.11 ott. 1917, n. 1661, stabilì che gli istituti nautici passassero, a partire dal 15 ottobre successivo, dal ministero dell'istruzione pubblica a quello della marina. L'ordinamento del ministero, con d. lgt. 15 mag. 1919, n. 851, fu così riorganizzato: gabinetto del ministro, sei direzioni generali: ufficiali e servizio militare e scientifico, personali civili e affari generali, corpo equipaggi, artiglieria e armamenti, costruzioni navali, servizi amministrativi; ispettorato generale di artiglieria e armamenti; sei ispettorati: esercizio ed economia delle macchine, sanità militare marittima, commissariato militare marittimo, genio militare per i lavori della marina, fari e segnalamento marittimo, capitanerie di porto. Con r.d.l. 21 mar. 1920, n. 304, fu soppresso il ministero dei trasporti marittimi e ferroviari: i servizi della marina mercantile passarono con r.d.l. 15 mar. 1920, n. 305, al sottosegretariato per la marina mercantile, combustibili e aeronautica, istituito presso il ministero della industria, commercio e lavoro. Il sottosegretariato, al quale furono in seguito tolti i servizi dell'aeronautica e dei combustibili, passò al ministero della marina con r.d. 16 nov.1922, n. 1459, che istituì alla dipendenza del ministro della marina un commissariato per i servizi della marina mercantile. Sempre nel 1922, con r.d.l. 21 dic. n. 1666, fu soppressa la direzione generale del corpo equipaggi e le sue competenze passarono al comando superiore del corpo equipaggi in Spezia, mentre, con r.d. 8 feb. 1923, n. 603, l'ufficio delle leggi e dei decreti fu aggregato al gabinetto del ministro. Il r.d. 10 set. 1923, n. 2052, così riorganizzò l'amministrazione centrale della marina militare: gabinetto del ministro con aggregato l'ufficio leggi e decreti; l'ufficio per l'istruzione nautica; quattro direzioni generali: personale e servizi militari, personali civili e affari generali, artiglieria e armamenti, costruzioni navali; quattro direzioni centrali: esercizio ed economia delle macchine, sanità militare marittima, commissariato militare marittimo, genio militare per i lavori della marina. Il commissariato per la marina mercantile passò al ministero delle poste e telegrafi con r.d.l. 24 feb. 1924, n. 455; questo ministero fu poco dopo soppresso e i suoi servizi, assieme a quelli delle ferrovie dello Stato, costituirono il nuovo ministero delle comunicazioni . Dopo il cambiamento di denominazione della direzione generale di artiglieria e armamenti in direzione generale delle armi e armamenti navali, disposto con r.d. 5 apr. 1925, n. 465, la l.8 lug. 1926, n. 1180, ripartì i servizi del ministero nei seguenti uffici: gabinetto del ministro; segreteria particolare del sottosegretario di Stato; ufficio leggi e decreti alle dipendenze del ministro; quattro direzioni generali: personale e servizi militari, costruzioni navali e meccaniche, armi e armamenti navali, personali civili e affari generali; tre direzioni centrali : sanità militare marittima, commissariato militare marittimo, genio militare per i lavori della marina; ufficio dell'istruzione nautica e ufficio della commissione per i salariati dello Stato. Dieci anni dopo, con r.d. 16 apr. 1936, n. 773, le direzioni centrali divennero direzioni generali, mantenendo la stessa denominazione; fu istituita la direzione generale dei servizi amministrativi e vennero soppressi l'ufficio dell'istruzione nautica e quello della commissione per i salariati dello Stato. Con r.d.l. 1° nov. 1943, n. 4/B, i servizi della marina mercantile passarono dal ministero delle comunicazioni a un sottosegretariato istituito presso il ministero della marina.
Con d. lgt. 28 set. 1944, n. 342, fu soppresso il comando superiore del corpo equipaggi marittimi e ricostituita presso il ministero della marina la direzione generale del corpo equipaggi marittimi, mentre la direzione generale del personale e dei servizi militari assunse la denominazione di direzione generale degli ufficiali e dei servizi militari e scientifici.
I servizi della marina mercantile furono definitivamente staccati dal ministero della marina nel 1946, quando con d.c.p.s. 13 lug. n. 26, fu istituito il ministero della marina mercantile . Con d.c.p.s. 4 feb. 1947, n. 17, il Ministero della guerra, il Ministero della marina e il Ministero dell'aeronautica confluirono nel Ministero della difesa, per la cui organizzazione vedi Ministero dell'aeronautica. [Tratto dal Sistema Guida Generale degli Archivi di Stato Italiani]