Gli archivi prodotti dagli organi di governo e dell'amministrazione dello Stato costituiscono la parte più consistente del patrimonio documentario dell'Archivio centrale dello Stato. Il processo formativo di tale patrimonio ha avuto inizio subito dopo l'unità, quando alcune amministrazioni statali cominciarono spontaneamente a versare le loro pratiche concluse. Ha avuto un forte incremento negli anni cinquanta, al momento del trasferimento nella nuova sede dell'EUR. Dal 1963 si è regolarmente accresciuto grazie all'attività istituzionale delle commissioni di sorveglianza sulla tenuta degli archivi correnti e di deposito, istituite presso ogni direzione generale o dipartimento delle amministrazioni centrali dello Stato . Nel 1991, un nuovo progetto di censimento sistematico degli archivi di deposito dei ministeri, realizzato dall'Archivio centrale, ha portato al reperimento e poi all'acquisizione di numerose e cospicue serie archivistiche, non sottoposte all'esame delle commissioni competenti .
Non versano la loro documentazione poiché dispongono di archivi storici separati: la Presidenza della Repubblica, il Ministero degli esteri, gli Stati maggiori di esercito, marina e aeronautica, i quali, in deroga al principio fondamentale di concentrare le carte degli organi centrali dello Stato in un'unica struttura archivistica, hanno istituito al loro interno propri archivi storici.